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El uso inadecuado de antibióticos presenta tres riesgos fundamentales:

Pérdida de eficacia.
Aparición de reacciones adversas.
Selección de microorganismos resistentes.
Los dos primeros riesgos son individuales, afectando únicamente al paciente que recibe el antibiótico, mientras que la selección de microorganismos resistentes debe considerarse como un riesgo colectivo, que supone un problema de salud pública de primer orden como consecuencia del riesgo de diseminación de los mecanismos de resistencia a los descendientes de la bacteria resistente, o incluso más grave, a otras especies bacterianas diferentes, que eran inicialmente sensibles al antibiótico.

La aparición de bacterias resistentes ha estado ligada a un amplio y diverso grupo de factores, siendo prácticamente imposible establecer cuantitativamente el grado de responsabilidad de cada uno de ellos. Entre estos factores, podemos destacar los siguientes:

Selección natural de especies microbianas.
Abuso en la prescripción de antibióticos, especialmente para procesos autolimitados.
Errores en el diagnóstico o en la selección de tratamientos antimicrobianos.
Dispensación de antibióticos sin receta.
Eliminación inapropiada de restos de envases.
Eliminación inapropiada de excretas procedentes de hospitales y explotaciones ganaderas.
Escaso nivel de innovación.
Incumplimiento terapéutico.
Autoconsumo (consumo de restos anteriores o dispensación inadecuada)